スネーク（ビッグボス）
本作品の主人公。元CIA特殊部隊FOX隊員。
かつて全面核戦争の危機から世界を救った英雄であり、戦闘と潜入任務のエキスパート。
その任務で、得部隊の母と呼ばれた伝説の女性”ザ・ボス”を抹殺したことから、
BIGBOSSの称号を得る。
南米コロンビアにて”国境なき軍隊”を組織している。
全入任務中にはダンボールによる擬態を行うこともあり、無線通信でもコミカルな一面も見ることができる。
右眼に眼帯をしている。
カズヒラ・ミラー
”国境なき軍隊”の実質的な運営を行う、スネークのサポート役。通称カズ。
米軍占領下の日本で、GHWの将校と日本人女性の間に生まれたハーフで、
名前は”和平（カズヒラ）”。米国にて大学卒業後、日本の自衛隊に入隊。
除隊後、傭兵として各地を転々とし、コロンビアにてスネークと出会う。
本作品より時間軸が後のメタルギアソリッド作品でも登場するキーマンの一人。
アマンダ・バレンシアノ・リブレ
サンディニスタ民族解放戦線 (FSLN) を率い、
ソモサ政権の打倒と祖国ニカラグアの開放を目指す革命戦士。
家や土地を奪われ、家族と共にコスタリカへ逃げて来た。
戦死した父の後を継いで指導者となり、同志と共に祖国を取り戻すべく奮闘している。
チコ（リカルド・バレンシアノ・リブレ）
サンディニスタ民族解放戦線（FSLN）に参加している少年兵。
アマンダの弟。スネークに救出される。
UMAに造詣が深く、怪物たちの生息する「モンスター島」への到達を夢見ている。
ミッションのブリーフィングでも多くの情報を提供してくれる。
パスに恋心を抱いている。
エメリッヒ（ヒューイ）
元NASA宇宙工学技術者で「ピースウォーカー」に関与している科学者。
生まれつき足が不自由の為、電動車椅子に乗っている。
パス・オルテガ・アンドラーデ（パシフィカ・オーシャン）
平和を愛するコスタリカの少女。
設立準備中にあるコスタリカ国連平和大学で平和憲法を学ぶ、ガルベスの教え子。
コスタリカ各地に展開を始めた謎の武装勢力に囚われていた。
ガルベスと共に武装勢力の排除を”国境なき軍隊”に依頼する。
パスという名は、スペイン語で”平和”を意味する。
ラモン・ガルベス・メナ（ヴラジーミル・アレクサンドロヴィチ・ザドルノフ）
パスの恩師。数十年にわたって平和を説いてきたというコスタリカの国連平和大学の教授。
パスの頼みを受け、”国境なき軍隊”に武装勢力の調査と排除を依頼するが・・・・・・。
ストレンジラヴ
ヒューイと同じく元NASA宇宙工学技術者で、ピースウォーカー搭載のAI「ママルポッド」の開発者。
ザ・ボスとは米有人宇宙飛行計画時代の知り合いであり、彼女に心酔している。
同性愛者の気があり、セシールやパスへの好意を見せる場面もある。
セシール
鳥類学者。コスタリカへバードウォッチングに来ている。
ケツァールの鳴き声を採取していた最中、
偶然に、ストレンジラヴ博士の研究場面に遭遇して捕まってしまう。
その後脱走してきた所をスネークに保護される。
コールドマン
CIA中米支局長。スキンヘッドの後頭部にピースマークとコヨーテのタトゥーが描かれている。
ザ・ボスの抹消「スネーク・イーター作戦」の立案者であり、CIA本部所属のエリート幹部だった。
冷戦最盛期の英雄とも称されていたが中米へ左遷され、核抑止力としてピースウォーカー計画を立案。
ピースウォーカー開発を指揮している。