冷戦の緊張緩和が進み、ベトナム戦闘も集結を迎えようとしていた１９７５年。
カリブ海域に拠点を隠す、どの国家にも帰属しない軍隊があった。
その軍の指揮官、通称”スネーク”は、世界各国から公にできない任務を請け負いつつ兵力を増強し、ついには核を所有するに至る。
どこからその情報が漏れたのか、IAEA（国際原子力機関）は彼らに対し、核査察を申し入れた。
NPT（核拡散防止条約）に加盟していないどころか国家ですらない彼らは、IAEAの意図を訝しむ。
時を同じくして、スネークにある知らせがもたらされた。
かつてスネークと戦い生死不明となっていた女性工作員『パス』が生きており、
キューバ南端にもうけられた米軍基地内で尋問を受けているという。
基地のある租借地内ではキューバと米国、どちらの法も通用しない。彼女の受けている尋問は過酷を極めていると思われた。
スネークの舞台に身を寄せていた、バスに想いを寄せる少年知古は、
パスの窮地を知り、無謀にも単独で彼女の救出に向かってしまう。
まもなく、捕らわれたチコからスネークに助けを求める無線が入った。
核査察を迎え入れようとしているマザーベースを背に、スネークはパスと知古を救出するためキューバへと向かう。
だがそれは、後のスネークの運命を決定づける惨禍の発端だったーー。