スネーク（ビッグボス）
本作品の主人公。元FOXHOUND隊員で、独立武装国家アウターヘブン(MSF→ダイヤモンド・ドッグス)の首領。
あらゆる重火器、CQC（近接格闘）のスペシャリストであり、潜入任務のスペシャリスト。
単独で数々の潜入任務を果たしており、メタルギア（核搭載二足歩行型戦車）による核ミサイル発射を防ぐなど、伝説の兵士として知られている。
無線通信やダンボールによる擬態などでは、コミカルな一面も見ることができる。
右眼に眼帯をしている。装備品のバンダナはスネークのトレードマークであり、秘密のアイテム（？）でもある。
カズヒラ・ミラー
スネークの相棒で、通称カズ。マザーベースの組織運営や部隊指揮などに携わり、前線で戦うビッグ・ボスを後方から支援する。
しかし、「ピースウォーカー」では、スパイの存在に気付きながらもスネークに黙っていたこともある。（最終的にはそのことをスネークに伝えている。）
また、裏では「愛国者」と「敵でも味方でもないビジネス・パートナー」として繋がっている。
本作品より時間軸が後のメタルギアソリッド作品でも教官などとして登場するキーマンの一人。
エメリッヒ（ヒューイ）
「ピースウォーカー」に関与していた科学者。
「グラウンド・ゼロズ」では、声のみ登場。
メタルギアZEKE完成後もMSFに残っており、IAEAの査察にスネーク達が難色を示していた中、独断で査察を承諾した。
生まれつき足が不自由の為、「ピースウォーカー」時は電動車椅子に乗っていたが、
スカルフェイス
「素顔を消し去った亡者」。「X.O.F」のロゴの入った謎の部隊を指揮する男。
黒いスーツとハットを身につけており、ヘリのロゴを装置で消すなど謎の多い言動をしている。
パス・オルテガ・アンドラーデ（パシフィカ・オーシャン）
アメリカの非政府諜報機関「サイファー」のスパイ。
「ピースウォーカー」の一件の後、消息不明となっていたが、「グラウンド・ゼロズ」にて生存していることが判明した。
二重スパイの嫌疑がかけられており、キューバ南端にある米軍の収容キャンプに捕らえられ、尋問を受けている。
チコ（リカルド・バレンシアノ・リブレ）
サンディニスタ民族解放戦線（FSLN）に参加している少年兵。
「ピースウォーカー」にてスネークに救出される。
当時からパスに恋心を抱いており、「グラウンド・ゼロズ」では、パスが捕らえられたことを聞き単身救出に向かうが、
逆に捕らえられスネークに救助の無線を入れる。