ミッション
メタルギアソリッドピースウォーカーでは、ストーリーを辿るメインミッションと、
その他にもバリエーションの多いサブミッションが用意されている。
武器、装備の開発
ミッション内には武器や装備の設計書があり、
マザーベースの開発技術力など各種ステータスに合わせて、
武器、装備の開発の幅が拡充される。
マザーベースの拡大と兵士
ミッションで遭遇する敵兵士を回収することで、マザーベースの一員にすることが出来る。
兵士にはステータスが個別で設定されており、ランクが設定されている。
優秀な兵士を揃えることで、武器や装備の開発や各種後方支援など、
潜入任務で役立つ機能が拡充、マザーベースは拡大する。
マザーベースの一員になった兵士はミッションに潜入することも可能で、
戦闘への派遣もできる。
※戦闘への派遣はミッションステージではなく、
オートアニメーションで提供される。
戦車、装甲車、ヘリなどの兵器
ミッション中に登場する戦車、装甲車、ヘリは、
戦闘中に完全に破壊しないでミッションクリアした際には、
回収してマザーベースに格納することが出来る。
格納した兵器は、兵士と同じく戦闘へ派遣できる。
メタルギアZEKE
ミッションにて対決するAI兵器の部品を集めることで、
メタルギアZEKEを開発、戦闘への派遣が行える。
リクルート
「SOLDIER SEARCH」からアクセスポイントを見つけると、
新規ミッション（MSF入隊テスト）が選択可能になります。
MSF入隊テストでは、CQCと打撃攻撃のみで戦い、
入隊志願者全員を時間内に気絶させると志願者全員がMSFに入隊します。
この方法で入手できる兵士は、アクセスポイントにより傾向があり、
Sランク、Aランクの兵士、女性の兵士など、
ミッション内では遭遇できない兵士が登場する。
協力プレイ、兵士交換、ダンボールの送受信
ネットワークと通じて別のプレイヤーと同一ミッションを協力してプレイすることができます。
協力プレイでないと進めない通路などもあります。
また、自分のマザーベースの兵士を別のプレイヤーと交換したり、
所持する武器やアイテムを段ボールに入れて送付すること、受け取ることができます。