冷戦の緊張緩和が進み、ベトナム戦闘も集結を迎えようとしていた１９７５年。 カリブ海域に拠点を隠す、どの国家にも帰属しない軍隊があった。 その軍の指揮官、通称"スネーク"は、世界各国から公にできない任務を請け負いつつ兵力を増強し、ついには核を所有するに至る。 どこからその情報が漏れたのか、IAEA（国際原子力機関）は彼らに対し、核査察を申し入れた。 NPT（核拡散防止条約）に加盟していないどころか国家ですらない彼らは、IAEAの意図を訝しむ。
時を同じくして、スネークにある知らせがもたらされた。 かつてスネークと戦い生死不明となっていた女性工作員『パス』が生きており、 キューバ南端にもうけられた米軍基地内で尋問を受けているという。 基地のある租借地内ではキューバと米国、どちらの法も通用しない。彼女の受けている尋問は過酷を極めていると思われた。 スネークの舞台に身を寄せていた、バスに想いを寄せる少年知古は、 パスの窮地を知り、無謀にも単独で彼女の救出に向かってしまう。
まもなく、捕らわれたチコからスネークに助けを求める無線が入った。 核査察を迎え入れようとしているマザーベースを背に、スネークはパスと知古を救出するためキューバへと向かう。 だがそれは、後のスネークの運命を決定づける産科惨禍の発端だったーー。
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